En déclin important en France métropolitaine depuis 30 ans (-30,8%) en grande partie à cause de l'agriculture intensive, le chardonneret élégant est un parfait exemple d'adaptabilité. Alors qu'il privilégiait les milieux ouverts comme les friches le long des champs où il trouvait toutes sortes de graines et nichait dans les haies, la disparition de ces milieux l'a forcé à évoluer ou à disparaître. Alors qu'il les snobait jusqu'ici, il s'est récemment réorienté vers les jardins où il trouve de plus en plus à manger l'hiver aux mangeoires. Pour peu qu'ils soient suffisamment fournis en arbres et en haies, il y trouvera également tout ce qu'il faut pour nicher.
Pour ces raisons ainsi que le réchauffement climatique qui diminue la mortalité hivernale, l'espèce est en très forte augmentation dans nos jardins : +83% en 10 ans d'après les 10 ans de suivi de l'observatoire des oiseaux du jardin.
Il est classé en vulnérable sur les catégories de menace de la Liste Rouge nationale (UICN 2020).