La mésange charbonnière a connu une légère augmentation d'effectif de 7,4%de 1979 à 2019 en France métropolitaine. Elle est toutefois en baisse de 17% dans les jardins en 10 ans d'après les 10 ans de suivi de l'observatoire des oiseaux du jardin. Au même titre que la mésange bleue, cela peut s'expliquer par la dégration des jardins de plus en plus déboisés et bitumés et par la raréfaction des insectes. L'apport de nichoirs dont elle est très friande peut pallier au premier problème, mais pas au second, d'où l'importance capitale de renaturer l'environnement.
Elle est classée en préoccupation mineure sur les catégories de menace de la Liste Rouge nationale (UICN 2020).