Le pipit farlouse a connu une énorme baisse d'effectif de 66,3% de 1979 à 2019 en France métropolitaine. Comme pour beaucoup d'espèces, l'agriculture intensive, la disparition des prairies et le réchauffement climatique l'affectent énormément. Il est également en déclin dans toute l'Europe. Il est classé vulnérable sur les catégories de menace de la Liste Rouge nationale (UICN 2020).
